gwLee's BOINC

WCG 세부과제중 하나인 Rice내의 단백질 구조 예측이 어떤 결과를 나타내는지에
대한... 동영상입니다.



결론: 당신의 유휴 컴퓨팅 파워가 식량 부족국가에 큰 도움이 된다는 좋은 얘기일것입니다.

크리에이티브 커먼즈 라이센스

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What is World Community Grid?

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PS3GRID 공식홈페이지

일반 CPU를 이용한 계산 대신 보다 향상된
NVIDA의 GPU 프로세서 혹은 Playstation3의 Cell 프로세서를
이용한 분자 구조 예측 프로젝트.

구글링을 하시다보면 X-Box나 PS를 grid로 묶어서
실제로 연산작업을 하는 연구실도 있습니다.
-일반 CPU보다 월등한 성능을 나타내니 학생들이 교수 몰래
  잠시 여가를 즐기는 위험을 감수하는 듯 합니다. (그냥 웃자고 한 얘깁니다.)

"High-performance all-atom biomolecular simulation" 이라고 하니
일반 CPU보다 워낙 성능이 좋으니 특정 분자에서 각각의 원자들
하나하나에 대한 물리적인 값들을 이용하여 가장 작은 에너지값을
가지는 구조를 예측하는 것 같습니다.

원자간 반발력까지 계산을... ㅎㄷㄷㄷ

사이트를 방문하시면 일반 CPU와 Cell processor/  GPU processor와의
연산 처리량 비교해논 것이 있는데...  적게는 10배 많게는 100배의 연산차이가...

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malariacontrol.net 공식 홈페이지

프로젝트 이름 그대로 말라리아 억제 및 퇴치를 위한
시뮬레이션 및 모델링을 위한 작업의 프로젝트입니다.
아프리카의 어린 생명들이 30초마다 죽어가는 것을 방지하고자
화학요법 및 새로운 백신개발의 효율성을 높이고 가장 효과적인
말라리아 치료법을 찾기 위해 본 프로젝트가 이용된다고 합니다.

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Docking@Home 공식 홈페이지

이름에서도 잘 나와있다 시피 기존의 단백질 구조 예측이 아닌
단백질과 잘 결합하는(Docking) 리간드(Ligand) 찾기 프로젝트입니다.

단백질과 결합하는 리간드가 왜 중요한가?
리간드가 단백질과 결합하게 되는경우 리간드에 의해
기존 단백질의 겉표면이 변형되어 그 활성도가 달라지기 때문입니다.
보통 단백질과 리간드의 상호작용에 대한 시뮬레이션 작업의 경우
약제개발을 위해 하게 됩니다.

지구상에는 인위적으로 합성할 수 있는 물질(리간드)가 수천, 수만개가
존재하고, 우리 몸속에도 수천,수만개의 단백질이 존재합니다.

주먹구구식으로도 수만X수만개의 조합이 나오지만 현재 컴퓨팅 파워로는
사실 그리 많은 조합수도 아닙니다. (머크와 같은 대형 제약회사에서도
충분히 감당할 만한 스케일입니다.)

하지만 이렇게 BOINC 프로젝트에 합류해야 하는 이유는...
지금까지의 Protein-Ligand 상호작용 예측에서 분자들의 Flexibility까지
생각할 여력이 없었습니다. 컴퓨팅 파워가 딸려서요.. ^^
About D@H의 하단의 Multi-Scale Models에서 Flexibility를 제외한 부분의
작업량도 상당하지만 Flexibility만큼은 못한걸로 알고 있습니다.

컴퓨팅 파워가 현격히 증가했지만, 분자들의 Flexibility까지 계산하기에는
한 회사로써는 너무많은 시설투자가 들기때문에 엄두를 내지 못하는것이죠.

그래서 BOINC에 합류하게 된것 같습니다.

※ 리간드는 그냥 단백질과 같은 수용체와 결합하는 원자및 분자들의 총칭입니다.
※Flexibility 는 유동성이라고 생각하시면 됩니다.
    분자들을 이루고 있는 원자들이 항상 같은자리에 있지 않다는것은
    알고 있으실것입니다. 그래서 우리 눈으로는 관찰하기 힘들지만 항상
    같은 모양을 하고 있지 않게 됩니다. 이러 이유로 Flexibility가 생기는 것이죠.

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The Lattice Project 공식 홈페이지

University of Maryland의 생물정보학 센터에서 하나의 주제에 대해서
다양한 프로그램을 작동시키는 듯한 느낌을 받았습니다.

박테리아나 바이러스의 단백질 서열간의 진화적 관계에대한 연구를
여러 프로그램 (GARLI, HMMPfam, MARXAN)을 사용해서 증명하려는 듯.

염기서열이나 단백실 서열을 가지고 다양한 생물종간의 진화에 대한
이해를 하고자 하는 프로젝트입니다.

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Rosetta 공식 홈페이지

Rosetta@Home는 단백질의 3차원 구조 및 모양을 예측/결정하여 주된 인간 질병에 대한 퇴치법을 연구한다는 내용.
이 연구 결과는 인간 질병중 중하다고 생각하는 HIV/Malaria/Cancer/Alzheimer's로 고통받고 있을 환자와 그들의 가족들에게 도움이 될거라고 합니다.

근데 단백질 3차원 구조결정이 쉽지 않아서말이죠... :)

Boinc중 Biology and Medicine 카테고리중 대부분이 단백질의 3차원 구조 분석에 대한 내용이 대부분일 듯 합니다. 그만큼 중요하고 재미있어서? 재미는 별로 없는듯 합니다. :)

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Tanpaku 공식 홈페이지

현재 (2008-9-16) 홈페이지가 다운이 되버렸네요
8/18에 다운됐는데 복구가 힘든가보네요

간략히 나와있는 설명으로는
유전자 서열으로부터 해당 유전자의 기능과 Translation되는 단백질 구조를
예측하는 프로젝트

Brownian dynamics 방법을 이용해서 한다는데 이게 무엇인지는 잘 모르겠습니다.

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BOINC is a software platform for volunteer computing and desktop Grid computing.

위에 써있는데로 BOINC는 자원하는 컴퓨팅을 그리드로 엮어주는 프로그램입니다.
초기에는 SETI(외계 지적 생명체 탐사 프로젝트)의 일환으로 이뤄졌으나 점점 그
규모가 커지고, SETI 외에 슈퍼컴퓨팅 능력을 필요로 하는 분야에서 다양한 프로젝트들이 추가됨에 따라 보다 유휴 컴퓨팅 자원을 제공해주는 자원자들에게 편의성을
제공하고자 BOINC라는 프로그램이 진행되고 있는듯합니다.
그것도 NSF에서 펀딩 받아가면서... 이게 괜찮은듯.. ㅎㅎ

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예전에 별바라님께서 초대해주셔서
가입해서 종종 찾아가던 국내 몇 없는
혹은 유일의 BOINC 사이트인
http://boincatkorea.xo.st/ 를 또 다시 오픈을
하셨뎁니다~ :)

boinc가 궁금하신 분들은 놀러오세요~ :)

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