Docking@Home 공식 홈페이지
이름에서도 잘 나와있다 시피 기존의 단백질 구조 예측이 아닌
단백질과 잘 결합하는(Docking) 리간드(Ligand) 찾기 프로젝트입니다.
단백질과 결합하는 리간드가 왜 중요한가?
리간드가 단백질과 결합하게 되는경우 리간드에 의해
기존 단백질의 겉표면이 변형되어 그 활성도가 달라지기 때문입니다.
보통 단백질과 리간드의 상호작용에 대한 시뮬레이션 작업의 경우
약제개발을 위해 하게 됩니다.
지구상에는 인위적으로 합성할 수 있는 물질(리간드)가 수천, 수만개가
존재하고, 우리 몸속에도 수천,수만개의 단백질이 존재합니다.
주먹구구식으로도 수만X수만개의 조합이 나오지만 현재 컴퓨팅 파워로는
사실 그리 많은 조합수도 아닙니다. (머크와 같은 대형 제약회사에서도
충분히 감당할 만한 스케일입니다.)
하지만 이렇게 BOINC 프로젝트에 합류해야 하는 이유는...
지금까지의 Protein-Ligand 상호작용 예측에서 분자들의 Flexibility까지
생각할 여력이 없었습니다. 컴퓨팅 파워가 딸려서요.. ^^
About D@H의 하단의 Multi-Scale Models에서 Flexibility를 제외한 부분의
작업량도 상당하지만 Flexibility만큼은 못한걸로 알고 있습니다.
컴퓨팅 파워가 현격히 증가했지만, 분자들의 Flexibility까지 계산하기에는
한 회사로써는 너무많은 시설투자가 들기때문에 엄두를 내지 못하는것이죠.
그래서 BOINC에 합류하게 된것 같습니다.
※ 리간드는 그냥 단백질과 같은 수용체와 결합하는 원자및 분자들의 총칭입니다.
※Flexibility 는 유동성이라고 생각하시면 됩니다.
분자들을 이루고 있는 원자들이 항상 같은자리에 있지 않다는것은
알고 있으실것입니다. 그래서 우리 눈으로는 관찰하기 힘들지만 항상
같은 모양을 하고 있지 않게 됩니다. 이러 이유로 Flexibility가 생기는 것이죠.
Posted by gwlee
