gwLee's study

의외로 간단하다.
단 기본적인 서열 파일만 있으면 안된다.

blastpgp의 옵션 중인 -C 로 Output되는 scoremat 파일들이 필요하다.

scoremat 파일들이 생성되었다면
scoremat 파일들의 리스트 파일을 만들자
$for M in `ls *.asnt`; do echo $M >> [LIST].pn; done
※anst라는 확장자일 필요 없다. chk라도 상관없음.

scoremat 파일들의 리스트 파일을 만들었다면 rpsdatabase를 만들어보자
$/blast/bin/formatrpsdb -i [LIST].pn -o T -n LIST

formatrpsdb 프로그램만 실행시키면 만들어집니다.
작동은합니다. 작동은요~!! ㅋㅋ

참고사이트: NCBI, WARWICK

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출처: 시험さま

리눅스머신에서 국민오버보다 한단계 아래단계로 오버(이게 오버냐 하시는분들도
계시겠지만...)후 시기가 여름인지라.. 열이 얼마나 나는지 체크 확인 차.



64bit의 경우 .x86_64이고, 32bit의 경우 .i386입니다.
#yum install lm_sensors.x86_64 [ENTER]
#yum install lm_sensors-devel.x86_64 [ENTER]
#sensors-detect [ENTER]
(무엇인가 많이 물어보는데 그냥 다 'Y' 때려넣어 줬음.)
#sensors
CPU팬 속도, CPU온도, SYSTEM온도.. 등등.. (전압도 나옴...)
다양한 정보를 보여준다...

근데 시스템중에 되는 녀석도 있었고 안되는 녀석도 있었음...

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ABIFReader를 이용하여 AB1파일을 읽을 경우
ABI 3730의 AB1파일의 각 자료의 이름과 해당 자료가 어떤 자료인가에 대한
간단 설명. 3730xl 의 결과값이었는데 3500의 자료값을 참고하기도 하였다.

염기서열 Peak값
DATA 9: G
DATA 10: A
DATA 11: T
DATA 12: C

그 외 정보
PBAS: Sequencer에서 읽은 염기서열, QV값에 상관없음.
PLOC: Sequencer에서 염기서열로 인식한 Peak의 위치 (DATA 9,10,11,12의 위치)
PCON: 각 염기서열의 QV값
S/N%: Signal 정보

위의 정보만 있으면 Sequencing 후 제공 받는 pdf를 직접 제작 할 수 있다.

현재 QV값도 포함하여 pdf를 생성하는 스크립트 제작중....
역시 난 비주얼한거랑은 별로 인연이 없는듯...

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일단 구글링, 네이버에서는 ABI 3730 분석용 프로그램 설치에 대한
내용이 전혀 (물론 설치에 관련된 ABI에서 배포한 메뉴얼은 있지만) 없었고,
AS를 요청하였는데 상당시간 기간이 소요하기에 극단적인 방법을 채택하였습니다.

고객이 직접 분석 프로그램 설치 및 켈리브레이션 후 사용하기

여하튼.. 한번이라도 심심풀이로 ABI 메뉴얼대로 일반 컴퓨터에
위의 DNA Analyzer Data Collection을 설치 해보신 분이라면
만만치 않은 프로그램이란 것을 확인하셨을 것입니다.
오라클에 JBOSS, IIS,. ABI에서 제작한 온갖 자바 패키지들까지...

일단 네단계로 이루어집니다.
Step 1. PC 준비
Step 2. 설치 환경 준비
Step 3. Data Collection 설치
Step 4. ABI 3730과 통신 확인

Step 1. 분석용 PC 준비
※ 그렇다고 메뉴얼은 폼으로있는것은 아닙니다. 메뉴얼 숙지가 우선입니다.
ABI 3730 DNa Analyzer Data Collection (이하 Data Collection)을 설치하기 위해선
WinXP sp2 영문판이 있어야 합니다. 그리고 기본적으로 설치하는 백신도
설치 하지 마시기 바랍니다. 백그라운드로 작동하는 백신 프로그램으로 정상적으로
설치가 잘 안될 수 도 있습니다. 후에도 아직 설치하지 않고 있습니다.

중요한 부분이 하드의 파티션이 C,D,E,F는 무조건 하드 드라이브쪽에 잡혀있어야 합니다. 그리고 CD 드라이브는 G, 그외에는 별도로 요구하지 않습니다.
이 이유는 C(OS), E는 Data Collection 구동에 필요한 프로그램이 설치되고,
D와 F 드라이브에는 데이터들이 저장(D,F중 하나는 백업용)되기 때문입니다.
-이런 이유로 최조 ABI 3730과 같이 공급되는 컴퓨터에는 하드가 최소 두개 장착되어 제공됩니다. 추후에 관련 pdf를 첨부하도록 하겠습니다.
하지만 눈치 채셨다시피 논리적 하드만 잘 확인하시면 됩니다.물리적인 하드가 두개, 네개일 필요는 없습니다.

Step 2. 설치 환경 준비
일단 WinXP sp2 영문판이 설치되어서 사용자 계정, 혹은 Administrator로 로그인 하셨다면 기본적으로 하는 각종 M/B 드라이버를 설치하시고 안정화를 시키시기 바랍니다. 그리고, Python 2.2와 win32com 이라는 Python 라이브러리가 있습니다. 설치하시기 바랍니다. 그리고 일반 사용자 (Administrator이 아닌 관리자권한의 다른 계정) 계정의 암호는 걸어두었습니다. 이는 Data Collection 설치시 Administrator 계정에 접근하여 설치하기 위한 방법의 일환으로 하는 작업입니다.
그리고 스크린 세이버(사용안함) 및 모니터 절전 기능(프리젠테이션 사용)으로 모두 사용 안함으로 설정하고, 컴퓨터 이름을 메뉴얼에 나오있는데로 수정하시기 바랍니다.
-다만 파이썬의 존재 여부가 필수적인지는 모르겠습니다만, 초기 공급된 PC의 OS 하드에서 Python2.2 폴더가 존재하는 것으로 확인되어서 일단 설치했었습니다.

Step 3. Data Collection 설치
ABI 3730과 함께 제공된 Data Collection 설치 CD를 삽입하여 패키지 설치를
합니다. 설치시 두가지만 주위하시면 됩니다. 설치 초기에 나오는 시리얼 코드 입력란에 입력을 하는데 그 박스에는 시리얼 코드외에 이미 내용이 적혀있는 칸이 있습니다. 바로 컴퓨터 이름입니다. 대신 저는 그대로(대문자) 다시 기록하되 소문자로 바꾸어 주었습니다. 컴퓨터 이름을 다시 확인하시면 소문자로 되어 있을 것입니다.
- 단지 그 이유..설치에 영향을 주는지는 모르겠습니다.
그리고  Next 버튼으로 설치를 진행합니다. (실상은 파일 복사입니다.)
그리고 아마 IIS를 설치하기 위해 XP시디를 요구할 것입니다. 이 작업 이후
재부팅을 하겠느냐는 친절한 질문을 해오면 과감하게 내가 이따가 부팅하겠다고
선택하십시요. 그리고 XP 시디는 CD롬에서 제거하고, 다시 Data Collection 설치
시디를 삽입하시고 재부팅 시키십시요.
-또 인스톨 프로그램이 작동할시 그냥 취소하시면 됩니다.

재부팅 후 설치를 위해서는 로그인이 필요합니다. 3730User은 Data Collection이
생성한 계정이므로 접근하지 마시기 바랍니다. 작업하는 동안 Administrator이 아닌 일반 관리자 권한 계정으로 작업을 해보진 못했지만 크게 문제는 없을 것 같습니다.
일단 로그인 화면에서 [Ctrl]+[Alt]+[Del] 키를 두번 누르면 Administrator 접속 가능한
창이 나옵니다. 거기서 로그인을 하게 되면 Data Collection이 설치를 시작합니다.
이때 어떠한 에러도 떠서는 안됩니다. 만약 자바 패키지 관련 에러가 발생한다면...
Step 1. 부터 다시.... ^^
제 경우 JBOSS 설치시 에러가 작렬하더군요.... JBOSS와 ABI측에서 개발한
패키지의 경우 발생하는듯 했습니다.
위의 설치과정이 에러없이 정상적으로 설치되었다면 이제 어려운 과정은 끝났습니다.

Step 4. ABI 3730과 통신 확인
분석 컴퓨터의 아이피를 메뉴얼에 나와있는데로 설정해주고, 랜선을 ABI 3730을 분석 컴퓨터와 연결하고 Data Collection 프로그램을 실행 시킵니다.
프로그램을 실행 싴키면 4개의 서비스가 빨간 원에서 초록색 사각형으로 변하면
모든것이 정상적으로 완료된것입니다.
만약 각 서비스마다 어떤 패키지를 로드하는지, 에러가 발생하는지 안하는지 확인하고 싶으시다면 {빨간원|노란색 삼각형|초록색 사각형} 중에 하나 일때 마우스 오른쪽 클릭을 하고 [Show Console] 이라는 것을 클릭하면 내용을 확인할 수 있습니다.

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출처: Finding homopolymer stretches in contigs

필요에 의해서 perl로 있는거 이용해서 약간 수정

$ vi findingHomopolymer.pl
$ perl findingHomopolymer.pl seq.fa

※주위: seq.fa에는 서열만 한줄로 있어야 작동합니다.
fasta 폼 이런거 인식 못합니다. ㅋ

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출처: interactive-biosoftware

Python이 설치된 폴더의 Lib 폴더안에 ABIFReader.py를
복사하여 넣어주고 사용하면 됨.

from ABIFReader import *
# creates an instance of ABIFReader
reader = ABIFReader(<filename>)
# version of ABIF file
reader.version
# print all entries of ABIF file "<name> (<num>) / <type> (<size>)"
reader.showEntries()
# read data for entry named <name> with number <num>, by default <num> is 1
data = reader.getData(<name>[, <num>])
# close the file, since it is kept open
reader.close()

본 파일을 이용하여 ABI3730xl에서 나온 ab1파일을 분석하는 경우 중간중간
몇몇 data type은 3500xl 버전을 참고해야되는 경우가 있었음.
ABIF Type의 Description이 잘 맞지 않은 것인지 AB1파일을 로드할때 중간에 missing되는 것이 있는지 정확히는 모르겠음.

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역시.. 세상엔 별개 다 있는듯....
python을 이용해서 twitter를 하다니... ㅋㅋ

python-twitter 프로젝트 사이트

easy_install을 이용해서 사이트에 설명되어 있는데로
simplejson을 먼저 설치하고 python-twitter을 설치하니
잘 작동하네요.. ㅎㅎ

import twitter
api = twitter.Api(username='username', passowrd='password')
users = api.GetFriends() #함수 이름과 같이 친구들 목록 반환..
print [u.name for u in users]
status = api.PostUpdate('python-twitter test!')

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지금 이녀석의 경우 파일 확장자가 seq나 txt로 끝나는 파일만
인식을 하고 그냥 긁어오는 겁니다.
-물론 그냥 shell로 할 수 있습니다. ^^

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-본 연구 아이디어의 기본 아이디어는 제 뒷자리에 앉아있는 김원기박사로부터
 시작되었습니다.

출처: 영문 Wiki, 한글 Wiki

비타민(Vitamin)이란?  생명체가 살아가는 데 중요한 역할을 하는 분자로, 많은 양이 필요하진 않지만 몸에서 아예 만들어지지 않거나 충분하게 만들어지지 않기 때문에 음식으로부터 섭취해야만 하는 분자들.

2010년 2월 어느날 BGI의 한 프로젝트 기사
원래는 기사 다 볼수있었는데... 여튼..
내용은 1,000개의 식물과 동물(설마 각각 1,000종;;; ㅎㄷㄷㄷ) 게놈시퀀싱 프로젝트의 일부분으로 Big Cats Genome Project를 진행한다는...

Big Cats..  란,바로 Amur tiger, the South China tiger, the Bengal tiger, the Asian lion, the African lion, the cloud leopard, and the snow leopard 이 녀석들을 가리킵니다.

근데, 도입부의 비타민과 Big Cats들이 무슨상관인데??
우리 인간들은 식물과 약제로써 비타민을 보충하는데 육식동물들은 식물을 먹지
않음에도 뜀박질하면서 사냥하고 잘산다.

하긴 그녀석들은 고기를 날로 먹으니 거기에서도 비타민을 섭취가능하지만
그런 것이 활동유지에 필요한 만큼될까? 된다면.... 이연구 접어야지 모;; 제길..

여튼 이 연구 아이디어는 육식동물에게는 우리와 달리 게놈이나
장내 미생물에서 비타민을 합성하는 녀석들이 있지 않을까라는 의문에서
시작했습니다.
(사실 김박사의 기본 아이디어가 아니었으면 모 돈많고 인간수 되니깐 일단
시퀀싱하고 보는구나 라고 했는데...  사실 일단 그게 진실일듯;; ㅋㅋ)

그래서 식물에서 비타민 관련 유전자를 다음의 Keyword로 선별하였습니다.
vitamin = ['retinol','retinal','retinoids','carotenoids','thiamine','riboflavin','niacinamide',
 'niacin','pantothenic acid','pyridoxine','pyridoxamine','pyridoxal','Biotin',
 'folinic acid','folic acid','cyanocobalamin','hydroxycobalamin',
 'methylcobalamin','ascorbic acid','ergocalciferol','cholecalciferol','tocopherols',
 'tocotrienols','menaquinones','phylloquinone']

그리고 근래 시퀀싱된 인제 장내 미생물의 meta genome sequence와
단순 blast로 비교해보고 있습니다.
역시 장내 미생물에서 비타민관련 유전자들은 적은것 같습니다.
(이 아이디어가 성립되려면 당연히 인체 장내 미생물들은 비타민과 관련이 없어야겠지요.. ^^)

어차피 중국이 Illumina와 454, SOLiD를 미친듯이 사서 돌리고있지만..
내년이면 나오는건 아니겠지?? ;;;

연구실에 돌아갈쯔음에서는 Big Cats 뿐만아니라 Big Cats의 장내 미생물들도
Genome project  선언하고 결과보여주면 감사할듯 합니다.

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