gwLee's study

의외로 간단하다.
단 기본적인 서열 파일만 있으면 안된다.

blastpgp의 옵션 중인 -C 로 Output되는 scoremat 파일들이 필요하다.

scoremat 파일들이 생성되었다면
scoremat 파일들의 리스트 파일을 만들자
$for M in `ls *.asnt`; do echo $M >> [LIST].pn; done
※anst라는 확장자일 필요 없다. chk라도 상관없음.

scoremat 파일들의 리스트 파일을 만들었다면 rpsdatabase를 만들어보자
$/blast/bin/formatrpsdb -i [LIST].pn -o T -n LIST

formatrpsdb 프로그램만 실행시키면 만들어집니다.
작동은합니다. 작동은요~!! ㅋㅋ

참고사이트: NCBI, WARWICK

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ABIFReader를 이용하여 AB1파일을 읽을 경우
ABI 3730의 AB1파일의 각 자료의 이름과 해당 자료가 어떤 자료인가에 대한
간단 설명. 3730xl 의 결과값이었는데 3500의 자료값을 참고하기도 하였다.

염기서열 Peak값
DATA 9: G
DATA 10: A
DATA 11: T
DATA 12: C

그 외 정보
PBAS: Sequencer에서 읽은 염기서열, QV값에 상관없음.
PLOC: Sequencer에서 염기서열로 인식한 Peak의 위치 (DATA 9,10,11,12의 위치)
PCON: 각 염기서열의 QV값
S/N%: Signal 정보

위의 정보만 있으면 Sequencing 후 제공 받는 pdf를 직접 제작 할 수 있다.

현재 QV값도 포함하여 pdf를 생성하는 스크립트 제작중....
역시 난 비주얼한거랑은 별로 인연이 없는듯...

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일단 구글링, 네이버에서는 ABI 3730 분석용 프로그램 설치에 대한
내용이 전혀 (물론 설치에 관련된 ABI에서 배포한 메뉴얼은 있지만) 없었고,
AS를 요청하였는데 상당시간 기간이 소요하기에 극단적인 방법을 채택하였습니다.

고객이 직접 분석 프로그램 설치 및 켈리브레이션 후 사용하기

여하튼.. 한번이라도 심심풀이로 ABI 메뉴얼대로 일반 컴퓨터에
위의 DNA Analyzer Data Collection을 설치 해보신 분이라면
만만치 않은 프로그램이란 것을 확인하셨을 것입니다.
오라클에 JBOSS, IIS,. ABI에서 제작한 온갖 자바 패키지들까지...

일단 네단계로 이루어집니다.
Step 1. PC 준비
Step 2. 설치 환경 준비
Step 3. Data Collection 설치
Step 4. ABI 3730과 통신 확인

Step 1. 분석용 PC 준비
※ 그렇다고 메뉴얼은 폼으로있는것은 아닙니다. 메뉴얼 숙지가 우선입니다.
ABI 3730 DNa Analyzer Data Collection (이하 Data Collection)을 설치하기 위해선
WinXP sp2 영문판이 있어야 합니다. 그리고 기본적으로 설치하는 백신도
설치 하지 마시기 바랍니다. 백그라운드로 작동하는 백신 프로그램으로 정상적으로
설치가 잘 안될 수 도 있습니다. 후에도 아직 설치하지 않고 있습니다.

중요한 부분이 하드의 파티션이 C,D,E,F는 무조건 하드 드라이브쪽에 잡혀있어야 합니다. 그리고 CD 드라이브는 G, 그외에는 별도로 요구하지 않습니다.
이 이유는 C(OS), E는 Data Collection 구동에 필요한 프로그램이 설치되고,
D와 F 드라이브에는 데이터들이 저장(D,F중 하나는 백업용)되기 때문입니다.
-이런 이유로 최조 ABI 3730과 같이 공급되는 컴퓨터에는 하드가 최소 두개 장착되어 제공됩니다. 추후에 관련 pdf를 첨부하도록 하겠습니다.
하지만 눈치 채셨다시피 논리적 하드만 잘 확인하시면 됩니다.물리적인 하드가 두개, 네개일 필요는 없습니다.

Step 2. 설치 환경 준비
일단 WinXP sp2 영문판이 설치되어서 사용자 계정, 혹은 Administrator로 로그인 하셨다면 기본적으로 하는 각종 M/B 드라이버를 설치하시고 안정화를 시키시기 바랍니다. 그리고, Python 2.2와 win32com 이라는 Python 라이브러리가 있습니다. 설치하시기 바랍니다. 그리고 일반 사용자 (Administrator이 아닌 관리자권한의 다른 계정) 계정의 암호는 걸어두었습니다. 이는 Data Collection 설치시 Administrator 계정에 접근하여 설치하기 위한 방법의 일환으로 하는 작업입니다.
그리고 스크린 세이버(사용안함) 및 모니터 절전 기능(프리젠테이션 사용)으로 모두 사용 안함으로 설정하고, 컴퓨터 이름을 메뉴얼에 나오있는데로 수정하시기 바랍니다.
-다만 파이썬의 존재 여부가 필수적인지는 모르겠습니다만, 초기 공급된 PC의 OS 하드에서 Python2.2 폴더가 존재하는 것으로 확인되어서 일단 설치했었습니다.

Step 3. Data Collection 설치
ABI 3730과 함께 제공된 Data Collection 설치 CD를 삽입하여 패키지 설치를
합니다. 설치시 두가지만 주위하시면 됩니다. 설치 초기에 나오는 시리얼 코드 입력란에 입력을 하는데 그 박스에는 시리얼 코드외에 이미 내용이 적혀있는 칸이 있습니다. 바로 컴퓨터 이름입니다. 대신 저는 그대로(대문자) 다시 기록하되 소문자로 바꾸어 주었습니다. 컴퓨터 이름을 다시 확인하시면 소문자로 되어 있을 것입니다.
- 단지 그 이유..설치에 영향을 주는지는 모르겠습니다.
그리고  Next 버튼으로 설치를 진행합니다. (실상은 파일 복사입니다.)
그리고 아마 IIS를 설치하기 위해 XP시디를 요구할 것입니다. 이 작업 이후
재부팅을 하겠느냐는 친절한 질문을 해오면 과감하게 내가 이따가 부팅하겠다고
선택하십시요. 그리고 XP 시디는 CD롬에서 제거하고, 다시 Data Collection 설치
시디를 삽입하시고 재부팅 시키십시요.
-또 인스톨 프로그램이 작동할시 그냥 취소하시면 됩니다.

재부팅 후 설치를 위해서는 로그인이 필요합니다. 3730User은 Data Collection이
생성한 계정이므로 접근하지 마시기 바랍니다. 작업하는 동안 Administrator이 아닌 일반 관리자 권한 계정으로 작업을 해보진 못했지만 크게 문제는 없을 것 같습니다.
일단 로그인 화면에서 [Ctrl]+[Alt]+[Del] 키를 두번 누르면 Administrator 접속 가능한
창이 나옵니다. 거기서 로그인을 하게 되면 Data Collection이 설치를 시작합니다.
이때 어떠한 에러도 떠서는 안됩니다. 만약 자바 패키지 관련 에러가 발생한다면...
Step 1. 부터 다시.... ^^
제 경우 JBOSS 설치시 에러가 작렬하더군요.... JBOSS와 ABI측에서 개발한
패키지의 경우 발생하는듯 했습니다.
위의 설치과정이 에러없이 정상적으로 설치되었다면 이제 어려운 과정은 끝났습니다.

Step 4. ABI 3730과 통신 확인
분석 컴퓨터의 아이피를 메뉴얼에 나와있는데로 설정해주고, 랜선을 ABI 3730을 분석 컴퓨터와 연결하고 Data Collection 프로그램을 실행 시킵니다.
프로그램을 실행 싴키면 4개의 서비스가 빨간 원에서 초록색 사각형으로 변하면
모든것이 정상적으로 완료된것입니다.
만약 각 서비스마다 어떤 패키지를 로드하는지, 에러가 발생하는지 안하는지 확인하고 싶으시다면 {빨간원|노란색 삼각형|초록색 사각형} 중에 하나 일때 마우스 오른쪽 클릭을 하고 [Show Console] 이라는 것을 클릭하면 내용을 확인할 수 있습니다.

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Posted by gwlee

R에서 한 화면에 두 그래프 찍기

어제 회식하러 가다가 용주형 전화받고 화인한 기능
사실 한 화면에 두개 이상의 plot을 그릴경우가 많이 있고
한눈에 많은 정보를 확인 할 수가 있기 때문에 유용한 기능 중 하나이다.

단 이 명령어로는 양쪽에 서로 다른 값의  y축은 설정 못한다.
-R에서 서로 다른 y축을 가지는 그래프도 그릴 수는 있다. 구글신에게 물어보면 간단히 나올듯... 위에 것도 구굴신에게 물어보니 10분.. ㅎㅎ

>a <- c(1,3,5,7,9,11)
>b <- c(12,10,8,6,4,2)
>plot(a, col="red")
>par(new=TRUE)
>plot(b, col="blue",axes=FALSE)
>dev.print(pdf, file="저장할/파일/경로명/파일명(확장자포함)")

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Cold Spring Harbor Lab에서 만든 학습 사이트

아.... 박은미 교수님께서 이 사이트의
한국어판 미러링 사이트를 만드셨었는데;;
가끔 잘 사용하셨는데... ㅎㅎ

DNA from the Beginning

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ㅋㅋ ncbi에서
내가 하도 다운로드 받으니깐
블락시켜서 ftp는 웹브라우저로도 안들어 가짐..
제길.. ㅋㅋ

그래서 결론은 가까운 일본 애용할 예정..
ftp://ftp.hgc.jp/pub/mirror/ncbi/

어차피 지리적으로 가까우니 속도도 쫌 빠른듯..
모 거의 동일하게 미러링 되니... 크게 문제될 것은
없을듯.. 내가 매일 업데이트 하는 것도 아니고.. ㅎㅎ

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종오형님의 부탁으로 Websat 셋팅에 대해서 짧지만 긴 블로깅이 시작됩니다.

기본 디렉토리 구조
http://hostname/account/websat/ 로 접속 가능한 상태에서 설명 시작하겠습니다.
/home/account/public_html/websat -> HOME
/var/www/html/account (심볼릭 링크)

대부분 그냥 압축 파일 설정 풀면 다 되던데..;;
이녀석은 꽤나 까다롭습니다. 아직도 제대로 실행이 안되니깐요.

vi HOME/js/wesat.js
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text
-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"/websat/imagens/loading.gif\" /></div>";
>> var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"imagens/loading.gif\" /></div>";
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/primer.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/primer.php", true);
....
window.open("/cgi-local/websat/export.php", "WEBSAT_EXPORT
_POPUP", "");
>> window.open("cgi-local/export.php", "WEBSAT_EXPORT_POPUP", "");
[END]

vi HOME/cgi-local/utils.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$DIRETORIO_CGI = "/DOC_ROOT/cgi-local/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/cgi-local/";
$DIRETORIO_BASE = "/DOC_ROOT/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/";
$DIRETORIO_TROLL = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_TROLL = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_MOTIFS = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_MOTIFS = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "/DOC_ROOT/websat/tmp/";
>> $DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "HOME/tmp/";
....
[END]

 

vi HOME/cgi-local/sat.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$motifFileName  = "motifs" . $pMotifLen . ".dat";
>> $motifFileName  = "motifs.dat";
....
[END]

vi HOME/cgi-local/export.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]

vi HOME/cgi-local/primer.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]

메일에 적은 것과 같이 추가적인 프로그램이 필요합니다요

troll과 primer3
구글님께 검색해보시면 나오고요..
troll의 경우 제 경우에는 lib Error가 나서
libstdc++-libc6.2-2.so.3 설치해 주었습니다.
primer3는 make 해주시고 실행 파일을 troll 폴더로
옮기시면 별도의 파일 수정 없어도 됩니다.

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In biochemistry, a metabolic pathway is a series of chemical reactions occurring within a cell. In each pathway, a principal chemical is modified by chemical reactions. Enzymes catalyze these reactions, and often require dietary minerals, vitamins, and other cofactors in order to function properly. Because of the many chemicals that may be involved, pathways can be quite elaborate. In addition, many pathways can exist within a cell. This collection of pathways is called the metabolic network. Pathways are important to the maintenance of homeostasis within an organism.

Metabolism is a step-by-step modification of the initial molecule to shape it into another product. The result can be used in one of three ways:

• To be stored by the cell
• To be used immediately, as a metabolic product
• To initiate another metabolic pathway, called a flux generating step.

A molecule called a substrate enters a metabolic pathway depending on the needs of the cell and the availability of the substrate. An increase in concentration of anabolic and catabolic end-products would slow the metabolic rate for that particular pathway.

출처: wikipedia

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Gene Ontology

Biological Process
A biological process is a recognized series of events or molecular functions. A biological process is not equivalent to a pathway, although some GO terms do describe pathways. Mutant phenotypes often reflect disruptions in biological processes.

Cellular Component
The cellular component ontology describes locations, at the levels of subcellular structures and macromolecular complexes. Examples of cellular components include nuclear inner membrane, with the synonym inner envelope, and the ubiquitin ligase complex, with several subtypes of these complexes represented.

Generally, a gene product is located in or is a subcomponent of a particular cellular component. The cellular component ontology includes multi-subunit enzymes and other protein complexes, but not individual proteins or nucleic acids. Cellular component also does not include multicellular anatomical terms.

Molecular Function
The functions of a gene product are the jobs that it does or the "abilities" that it has. These may include transporting things around, binding to things, holding things together and changing one thing into another. This is different from the biological processes the gene product is involved in, which involve more than one activity.

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Blast와 함께 보편적으로 사용되는 Hmmer에 대한 설명서
hmmbuild/ hmmcalibrate/ hmmsearch에 대해서 설명
-물론 제가 사용하는 옵션에 대해서만 blast만큼 많지 않음. default로 사용해도 문제가 없으니깐~ 문제를 모르는것일 수도.. ㅎㅎ


hmmbuild: hmm matrix 만들어 줌
hmmbuild [-options] <hmmfile output> <alignment file>

-F 기존에 동일 이름의 hmm파일이 있으면 삭제하고 새로 만듬. 이 옵션 설정 안해주면 hmmbuild 아예 실행안됨.


-f/ -g/ -s algorithm styles을 설정하는 옵션 이번에 사용하면서 이런 옵션을 처음 봤습니다. 왠지 hmm 멋져보이는 이유는.. ㅋ


--amino/ --nucleic 강제로 alignment file이 어떤 서열인지 알려주는 것입니다.


-sequence weighting strategies
- model construction strategies
위의 무엇인가 고급스러운 것을 최대한 안건드리면 사용하는게
제 생활신조입니다. default인 이유는 그런 이유가 있을 것이다 라는.. ㅋ
개인적으로 잘 아시는 분만 선택해서 사용하시면 됩니다.
사용방법은 옵션을 그냥 적어주시면 됩니다.

hmmcalibrate: 만들어진 hmm matrix를 보정 시켜줌 
hmmcalibrate [-options] <hmmfile>
--cpu: 프로그램 수행에 사용할 cpu 갯수 설정, 멀티 코어의 경우 가능. 단, 컴파일 및 바이너리 파일을 받을때 cpu옵션이 on 되어 있는 것을 받아야 사용 가능

--seed: hmmcalibrate를 몇번 수행할것인지 설정 하는 옵션 인듯.

본인의 hmmcalibrate 사용 예

hmmsearch: 만들어진 hmm 파일을 이용해서 유사한 서열을 찾음.
hmmsearch [-options] <hmmfile> <sequence file or database>

-A <n>: 상위 n개 까지만 출력
-E <x>: blast의 e-value cutoff와 같은 것
-T/ -Z옵션도 안좋은 값을 짤라내기 위한 옵션

--cpu : 프로그램 수행에 사용할 cpu 갯수 설정, 멀티 코어의 경우 가능. 단, 컴파일 및 바이너리 파일을 받을때 cpu옵션이 on 되어 있는 것을 받아야 사용 가능

 --domE <x> / --domT <x>
위의 -T/ -Z의 옵션과 같이 도메인에서 필터링 하는 옵션인듯. 사용 안해봤음. ^^
<sequence file or database>는 fasta format 파일이면 사용 가능함.

본인이 으레 쓰는 방법임. hmmsearch 결과는 '>'로 빼주면 됨.

 

크리에이티브 커먼즈 라이센스

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