gwLee's study

오픈소스 라이선스 가이드

Posted at 2009/07/16 20:19
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ㅋ 이것마저 어렵군..
GPL
CPL
Apache License
MIT License 도 있고.. ㅋㅋ

어떤놈은 코드공개,
어떤놈은 공개안하고 돈받고 팔아도 되고...

그러나 일단 배포를 안하면 코드공개와는 상관없다는...

오픈소스SW 라이선스 .pdf

컴퓨터 프로그램 보호 위원회가 2007년도에 발표한 오픈소스 SW 라이선스 가이드

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Hash Table

Posted at 2009/03/26 20:19
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출처: 까먹었음.. ^^;;;

Hash Table

해쉬 테이블은 key와 value 쌍을 저장하는 자료구조로서 DB의 기초가 되는 매우 중요한 자료구조이다. 해쉬 테이블의 개략적인 구조는 아래 그림과 같다. (구글에서 찾은 그림)

보다시피 세로로는 버킷(bucket)이라는 공간들이 배열 형태로 존재하고, 이 bucket에는 링크드 리스트가 주렁 주렁 달려있다. 해쉬 테이블의 가장 큰 장점은 검색이 매우 빠르다는 것이다. 해쉬 테이블에 자료의 삽입 및 검색은 다음 그림을 보자. 간단한 전화번호부 자료구조이다. (위키피디아에서 찾은 그림)

예를 들어, "John Smith"라는 key로 "+1-555-1234"라는 전화 번호를 저장하고 싶다. 먼저 해쉬 테이블은 주어진 key 값을 해쉬 함수 (hash function)을 통해 특정한 값으로 변환을 한다. 위 그림에서는 873이 되겠다. 그러면 바로 배열에 접근하듯이 873번 버킷에 접근을 한다. 만약 해쉬 값이 1000이 넘는다면 % modulo 연산자로 나머지 값을 취해 이 데이터가 위치할 버킷의 인덱스를 찾는다. 이 버킷에 이제 데이터를 싱글 링크드 리스트 형태로 저장을 하면 된다. 왜냐면, 위의 그림과 같이 "Sandra Dee"라는 key의 해쉬 값도 873으로 "John Smith"와 충돌(collision)이 일어나게 된다. 따라서 이런 충돌을 피하기 위해 같은 해쉬 값을 가지는 데이터는 리스트로 저장을 한다.

검색과 삭제의 방법도 같다. 주어진 키의 해쉬 값을 계산 한 뒤, 원하는 버킷으로 찾아가서, 버킷에 달려있는 데이터 노드와 비교를 하여 (선형 탐색) 원하는 데이터를 찾는 것이다.

따라서 검색에 필요한 시간 중 버킷까지 찾아가는 시간은 해쉬 테이블의 크기가 얼마가 되었든 동일하다. 그러나 만약 해쉬 테이블에 너무 많은 데이터가 있어 충돌이 많이 일어난 경우, 즉, 버킷에 긴 리스트가 달려있는 경우에는, 탐색하는데 시간이 소요되게 된다.

이론적인 해쉬 테이블의 검색 속도는 O(1+n/m)으로 표현한다. 여기서 m은 slot의 개수, n은 원소의 개수로 n/m은 흔히 load factor로 표현이 된다. 그러나 리스트는 평균적으로 그렇게 길지 않으므로 흔히 탐색은 상수시간 O(1)이 걸린다고 말한다. (정말로 최악의 경우에 모든 키의 해쉬 값이 하나로만 나온다면 검색 속도는 리스트와 같아진다.)

추가 및 삭제도 모두 상수시간 O(1)이 걸린다. 그림과 같이 주어진 이름으로 전화번호를 찾아야하는 사전과 같은 구조에서는 해쉬 테이블이 가장 좋다.

그러나 하나 주의해야할 것은, 해쉬 테이블에 저장된 데이터는 순서를 예측할 수 없다. 그림에서 해쉬 테이블에 저장된 모든 데이터를 출력한다고 할 때, 이는 정렬되지 않은 값이다. 왜냐면 주어진 키의 해쉬 값에 따라 정렬이 되는데 이는 일반적으로 예측할 수 없기 때문이다. 따라서 위의 그림에서 사람 이름으로 정렬해서 출력하고 싶다면, 어쩔 수 없이 모든 데이터를 한번 정려를 해야한다.

Time complexity

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Tag: Algorithm, Hashtable, 알고리듬
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clustal -> hmmer -> distmat

Posted at 2009/02/14 03:53
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KOBIC Cluster 사용하여 돌리는 스크립트

#!/bin/bash
H=`pwd`
echo $BASH_ARGV

[ -d /data/soongsil/$BASH_ARGV ] && rm -rf /data/soongsil/$BASH_ARGV
[ -d /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV ] && rm -rf /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV
mkdir -p /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV
cp /home/soongsil/jobcdd/$BASH_ARGV /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/$BASH_ARGV
cp /home/soongsil/clustalw2 /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/

-만약 $BASH_ARGV에 해당하는 폴더가 있는 경우 삭제하고 다시 만들고, 수행에 필요한 파일들을 /home/soongsil/jobcdd에서 복사해오는 부분

cd /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/
tar xf $BASH_ARGV
for M in `ls /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/*.seq`;do ./clustalw2 -INFILE=$M -ALIGN -TYPE=PROTEIN -OUTFILE=${M%.*}.aln -OUTPUT=CLUSTAL -MATRIX=GONNET; done > temp.txt

clustalw2수행하는 부분

for M in `ls /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/*.aln`;do /home/soongsil/hmmer/src/hmmbuild --informat CLUSTAL ${M%.*}.hmm $M; done > temp.txt

for M in `ls /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/*.hmm`;do /home/soongsil/hmmer/src/hmmcalibrate $M; done > temp.txt

for M in `ls /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/*.hmm`;do /home/soongsil/hmmer/src/hmmalign --informat FASTA --outformat MSF -o ${M%.*}.msf $M ${M%.*}.seq; done > temp.txt

hmmer 수행하는 부분

for M in `ls /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/*.msf`;do /home/soongsil/EMBOSS-6.0.1/emboss/distmat -protmethod 0 -outfile ${M%.*}.Unco.dist ;done > temp.txt

for M in `ls /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/*.msf`;do /home/soongsil/EMBOSS-6.0.1/emboss/distmat -protmethod 1 -outfile ${M%.*}.Jukes.dist ;done > temp.txt

for M in `ls /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/*.msf`;do /home/soongsil/EMBOSS-6.0.1/emboss/distmat -protmethod 2 -outfile ${M%.*}.Kimura.dist ;done > temp.txt

EMBOSS중 distmat 수행하는 부분

cd /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV/
tar cf ${BASH_ARGV%.*}.clust.tar *.aln *.dist *.msf
gzip ${BASH_ARGV%.*}.clust.tar
cp -f ${BASH_ARGV%.*}.clust.tar.gz $H
rm -rf /data/soongsil/clust_$BASH_ARGV

결과 파일들을 묶고 원래 홈 폴더로 복사하고, 나머지 파일들은 삭제

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Tag: clustalw, distmat, hmmer, KOBIC
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ASCI Code

Posted at 2008/08/25 02:23
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아스키 코드표

출처 : http://www.jasko.co.kr/lesson/ascii.html

10진수	16진수	8진수	2진수	ASCII	10진수	16진수	8진수	2진수	ASCII
0	0×00	000	0000000	NULL	64	0×40	100	1000000	@
1	0×01	001	0000001	SOH	65	0×41	101	1000001	A
2	0×02	002	0000010	STX	66	0×42	102	1000010	B
3	0×03	003	0000011	ETX	67	0×43	103	1000011	C
4	0×04	004	0000100	EOT	68	0×44	104	1000100	D
5	0×05	005	0000101	ENQ	69	0×45	105	1000101	E
6	0×06	006	0000110	ACK	70	0×46	106	1000110	F
7	0×07	007	0000111	BEL	71	0×47	107	1000111	G
8	0×08	010	0001000	BS	72	0×48	110	1001000	H
9	0×09	011	0001001	HT	73	0×49	111	1001001	I
10	0×0A	012	0001010	LF	74	0×4A	112	1001010	J
11	0×0B	013	0001011	VT	75	0×4B	113	1001011	K
12	0×0C	014	0001100	FF	76	0×4C	114	1001100	L
13	0×0D	015	0001101	CR	77	0×4D	115	1001101	M
14	0×0E	016	0001110	SO	78	0×4E	116	1001110	N
15	0×0F	017	0001111	SI	79	0×4F	117	1001111	O
16	0×10	020	0010000	DLE	80	0×50	120	1010000	P
17	0×11	021	0010001	DC1	81	0×51	121	1010001	Q
18	0×12	022	0010010	SC2	82	0×52	122	1010010	R
19	0×13	023	0010011	SC3	83	0×53	123	1010011	S
20	0×14	024	0010100	SC4	84	0×54	124	1010100	T
21	0×15	025	0010101	NAK	85	0×55	125	1010101	U
22	0×16	026	0010110	SYN	86	0×56	126	1010110	V
23	0×17	027	0010111	ETB	87	0×57	127	1010111	W
24	0×18	030	0011000	CAN	88	0×58	130	1011000	X
25	0×19	031	0011001	EM	89	0×59	131	1011001	Y
26	0×1A	032	0011010	SUB	90	0×5A	132	1011010	Z
27	0×1B	033	0011011	ESC	91	0×5B	133	1011011	[
28	0×1C	034	0011100	FS	92	0×5C	134	1011100	\
29	0×1D	035	0011101	GS	93	0×5D	135	1011101	]
30	0×1E	036	0011110	RS	94	0×5E	136	1011110	^
31	0×1F	037	0011111	US	95	0×5F	137	1011111	_
32	0×20	040	0100000	SP	96	0×60	140	1100000	.
33	0×21	041	0100001	!	97	0×61	141	1100001	a
34	0×22	042	0100010	"	98	0×62	142	1100010	b
35	0×23	043	0100011	#	99	0×63	143	1100011	c
36	0×24	044	0100100	$	100	0×64	144	1100100	d
37	0×25	045	0100101	%	101	0×65	145	1100101	e
38	0×26	046	0100110	&	102	0×66	146	1100110	f
39	0×27	047	0100111	'	103	0×67	147	1100111	g
40	0×28	050	0101000	(	104	0×68	150	1101000	h
41	0×29	051	0101001	)	105	0×69	151	1101001	i
42	0×2A	052	0101010	*	106	0×6A	152	1101010	j
43	0×2B	053	0101011	+	107	0×6B	153	1101011	k
44	0×2C	054	0101100	'	108	0×6C	154	1101100	l
45	0×2D	055	0101101	-	109	0×6D	155	1101101	m
46	0×2E	056	0101110	.	110	0×6E	156	1101110	n
47	0×2F	057	0101111	/	111	0×6F	157	1101111	o
48	0×30	060	0110000	0	112	0×70	160	1110000	p
49	0×31	061	0110001	1	113	0×71	161	1110001	q
50	0×32	062	0110010	2	114	0×72	162	1110010	r
51	0×33	063	0110011	3	115	0×73	163	1110011	s
52	0×34	064	0110100	4	116	0×74	164	1110100	t
53	0×35	065	0110101	5	117	0×75	165	1110101	u
54	0×36	066	0110110	6	118	0×76	166	1110110	v
55	0×37	067	0110111	7	119	0×77	167	1110111	w
56	0×38	070	0111000	8	120	0×78	170	1111000	x
57	0×39	071	0111001	9	121	0×79	171	1111001	y
58	0×3A	072	0111010	:	122	0×7A	172	1111010	z
59	0×3B	073	0111011	;	123	0×7B	173	1111011	{
60	0×3C	074	0111100	<	124	0×7C	174	1111100	\|
61	0×3D	075	0111101	=	125	0×7D	175	1111101	}
62	0×3E	076	0111110	>	126	0×7E	176	1111110	~
63	0×3F	077	0111111	?	127	0×7F	177	1111111	DEL

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HTML5?

Posted at 2008/08/25 01:46
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참.. 세상은
빠르게 변모하고 있는듯..

HTML5를 살펴보자

HTML5라....;;;

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