gwLee's study

awk 사용법

(gwlee) — Wed, 09 Dec 2009 22:00:58 +0900

Blast를 수행 시 -m 8을 하면 자료 뽑아내기가 쉬운 것을 알고 있다.
근데 리눅스에서는 awk라는 명령어를 사용하여 별도의 코딩을 하지 않고
일정 값 이상/이하의 결과들만 골라서 볼 수 있다.
-biodb의 wiki에 정리해둔 것이 있었는데...;;;

구글 뒤져보니 본인이 원하는 기능의 awk 기능을 잘 설명해 놓은 것이 있어서
그대로 옮겨보도록 한다. ㅋ

출처: :+:하늘을 닮은 호수:+:

-m 옵셥에서 8값을 선택한 결과 파일 (blastout.file) 에서 score가 100 이상의 결과들만 뽑길 원하는 경우
> awk '$12 > 100 { print $2 }' blastout.file

본 문장을 응용하면 결과값에 특정 문자열만 들어가 있는 것을 포함/제외 하고
출력하기, 결과값이 중복된 것이 있으면 sort를 이용하여 제거 할 수도 있으니
참 간편하지요? ;;;

그걸 몰랐던 학부 시절 때 하나하나 python으로 삽질하던 기억을 하면;; 아놔;;;

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Plot 그리기

(gwlee) — Wed, 21 Oct 2009 08:34:31 +0900

R에서 한 화면에 두 그래프 찍기

어제 회식하러 가다가 용주형 전화받고 화인한 기능
사실 한 화면에 두개 이상의 plot을 그릴경우가 많이 있고
한눈에 많은 정보를 확인 할 수가 있기 때문에 유용한 기능 중 하나이다.

단 이 명령어로는 양쪽에 서로 다른 값의 y축은 설정 못한다.
-R에서 서로 다른 y축을 가지는 그래프도 그릴 수는 있다. 구글신에게 물어보면 간단히 나올듯... 위에 것도 구굴신에게 물어보니 10분.. ㅎㅎ

>a <- c(1,3,5,7,9,11)
>b <- c(12,10,8,6,4,2)
>plot(a, col="red")
>par(new=TRUE)
>plot(b, col="blue",axes=FALSE)
>dev.print(pdf, file="저장할/파일/경로명/파일명(확장자포함)")

two-plot.pdf

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DNA from the Beginning

(gwlee) — Mon, 19 Oct 2009 23:52:00 +0900

Cold Spring Harbor Lab에서 만든 학습 사이트

아.... 박은미 교수님께서 이 사이트의
한국어판 미러링 사이트를 만드셨었는데;;
가끔 잘 사용하셨는데... ㅎㅎ

DNA from the Beginning

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Ruby On Rails

(gwlee) — Wed, 14 Oct 2009 18:43:00 +0900

Ruby, Ruby...

Ruby On Rails 이건또 모다냐;;; ㄷㄷㄷ

RoR Part 1
RoR Part 2

RoR 공식 홈페이지에 있는
Ruby로 15분안에 블로그 만들기 동영상
-다만 이 동영상 감상후 15분만에 블로그 만든분이 별로 없었다는..
근데 15분만에 만든 인간들은 모냐;;;; ㄷㄷㄷㄷ

기선님께서 모아놓으신 RoR 튜토리얼 링크 모음가기

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MHC Class

(gwlee) — Sun, 04 Oct 2009 20:55:00 +0900

면역학 수업을 한번이라도 받아봤으면 들어봤었음직한 단어
MHC ( Major Histocompatibility Complex) !!!

본 이 아이디어는 실험실 후배인 작은 지웅이의 아이디어 제공자임.
금년 겨울(09년 1,2월달쯔음) 해볼려다가 시간에 쫓기는 관계로(<-완존핑계) 미룸.. ㅋㅋ

MHC는 바이러스, 세균 등등 우리몸에 해로울 것같은 것들(항원)의 단백질 단편을
확보하여 T-Cell 수용체에 인지시켜준다.
-확률적으로.... 항원의 것인데 자기자신의 단백질이라고 판단 할 수 있는 경우도
발생할 수 있다. 완전한 구분이 되면 좋겠지만, 현실은 항상 그렇지 않음을 말해준다.

여하튼, T-Cell에 항원의 단백질 단편을 가져다 줄때 어떻게 이 단백질 단편들을
가져다 줄까?? MHC가 항원이 되는 단백질 단편과 Binding을 하게된다.
여기서 또 문제가 있다.
단백질 단편과 MHC가 결합을 하는데 MHC가 자신만의 Style이 있어, 자신만의 Style대로 움직인다.
결론적으로 자기가 결합하기 좋아하는 서열들과만 결합한다는 것!!
그럼 어떻게 되는가?? 어느 특정 서열을 가지는 항원의 단백질 단편들만 T-Cell에 보여주고 다른 서열을 가지고 있는 항원의 단백질 단편들은 T-Cell에 보여주지 않게되므로
T-Cell이 인지못했던 단백질 단편을 가지고 있는 항원은 우리 몸에서 활개를 치게된다.

다행이 MHC는 우리가 생각하지도 못할 만큼의 종류를 가지고 있다. 인간의 경우
염색체 6번에 존재하는 여러 Gene에 의해서 결합할 수 있는 단백질 단편의 Style이
결정되는데 다행이도 그 Gene들의 조합으로 만들어지는 Style는 무궁무진하다.

그러나 모든 사람들이 같은 MHC를 만들어 내는 것은 아니다.
각자 못만들어내는 Style이 있고, 만들어 내는 Style이 있다.
생성되는 Style의 한계로 어떤 이는 어떤 질병에 보다 취약 할 수도 있고, 더 잘 대처할 수도 있게된다.

본 연구는 6번 염색체의 MHC와 관련된 Gene들의 서열들을 확인하여
어떤 사람들이 어떤 질병에 취약하거나, 대처가 가능한 것을 확인하고자 하는데에
그 의의가 있다.

현재 MHC 정보는 NCBI의 dbMHC에 정보가 공개되어 있어 확인이 가능하며, 인간 염색체의 서열 정보를 확인 할 수 있는 몇몇 대형 프로젝트에서 6번 염색체의 특정부분의 서열을 확보 할 수 있으므로 보다 많은 정보를 확보할 수 있으며 이 정보를 가공하여 원하는 정보를 도출 해 낼 수 있을 것이다.

결론은 나중에 학교다시가면 해보고 싶다는 얘기라지요..;; ㅋㅋ

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CSS로 Layout 잡기

(gwlee) — Sat, 05 Sep 2009 01:10:06 +0900

급하게 CSS사용하면서 페이지 하나 만들어야 하는데..;;
ㅋㅋ 아주 죽겠음...;;

http://www.cssjuice.com/30-weblogs-with-grid-based-design/

http://www.cssimport.com/

http://www.mezzoblue.com/zengarden/alldesigns/

http://www.alistapart.com/articles/holygrail

http://blog.html.it/layoutgala/

출처: 웹 뒤에 숨은 Web

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한국 신화를 찾아서...

(gwlee) — Sun, 16 Aug 2009 00:46:28 +0900

한국 신화를 찾아서....
라는 EBS 다큐 프라임 프로를 보면서 포스팅 거리 찾음. ^^

이 연구 주제의 모티브는 당연 아버지시라는... 응??
근데 정말임.. ㅋㅋ

쉽게 얘기해서 인류 문명 이동 경로 조사?
이건 누구나 생각할 수 있는 연구 주제입니다.
-지도교수님께서 관심을 가지고 계시고, 분석을 하고 계시는 것으로 알고있는데..;;

다만 접근법이 문제입니다. 진짜 그럴싸한 모티브가 있어야 합니다.
왜 이런 연구를 해야 하는가..

연구 주제의 기본 베이스는 기독교입니다.
알러지 반응이나 거부 반응 일어나시면 그냥 나가시라는.. ^^

인류 문명 이동 경로 조사의 기본 모티브가 되는 정보가 두개가 있습니다.
바로 고조선 건국 신화와 성경에 나오는 이스라엘 12지파입니다.
그리고...

중앙아시아 쪽에서 내려오고 있는 몇몇 건국 신화들이
고조선의 건국 신화와 내용이 너무나도 유사하다는 것입니다.
(고조선, 즉 극동아시아쪽으로 오면서 스토리 또한 깔끔해집니다.)

고조선 건국 신화에 단군과 곰, 호랑이가 나옵니다.
여기서 곰과 호랑이가 진짜 동물이 아닌 곰/호랑이를 모시는 부족인 것을
많은 매체를 통해 알고 계시리라 봅니다.

그리고 단군 또한 한 개인일 수 도있지만, '단군', '단'이라는 이름을 쓰는
사람이 속한 어떤 외부 부족일 수도 있습니다.

이스라엘 12 지파에는 '단'이라는 지파가 있습니다.
구약 성경에 기록되다 어느 시점 이후부터는 등장하지 않는 지파 입니다.

※주의
단군 신화의 역사 시간대와 성경 기록및 이스라엘 12 지파가 존재 했던
역사 시간대가 동일 하냐라는 질문에 대해서는 저도 모릅니다.
두 역사적인 일들이 이 같은 시간대에 있길 바랄뿐입니다. ^^

여기서 아버지의 주장은 [이 '단'이라는 단이라는 발음이 쉽지 않을 뿐 더러
그렇게 흔히 쓰이는 단어였을까??] 라는 것입니다.

현재 전 세계적으로 많은 유전체 분석 프로젝트들이 진행중에 있습니다.
모든 유전체 프로젝트 결과물(Raw Data)에 접근 할 수 있는 것은 아니지만
많은 데이터에 접근 가능합니다.

많은 데이터 중 중동 지역과 중앙 아시아, 동남 아시아, 극동아시아의
민족들에 대한 유전체 정보를 수집하여 분석하면 어떨까하는... ^^

데이터는 찾아보면 충분히 있을 것이고,

제가 실제로 분석 하려고 하는 시점에 가서는 더 좋은 데이터 질과
분석 도구들이 나와있을 수도 있으니.. ㅎㅎ ^^

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제길.. NCBI에서 안받아~!!

(gwlee) — Tue, 04 Aug 2009 22:20:58 +0900

ㅋㅋ ncbi에서
내가 하도 다운로드 받으니깐
블락시켜서 ftp는 웹브라우저로도 안들어 가짐..
제길.. ㅋㅋ

그래서 결론은 가까운 일본 애용할 예정..
ftp://ftp.hgc.jp/pub/mirror/ncbi/

어차피 지리적으로 가까우니 속도도 쫌 빠른듯..
모 거의 동일하게 미러링 되니... 크게 문제될 것은
없을듯.. 내가 매일 업데이트 하는 것도 아니고.. ㅎㅎ

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Spring Webflow 압축 풀기 문제

(gwlee) — Tue, 28 Jul 2009 09:38:37 +0900

스프링의 web flow를 접해보고자
spring-webflow-2.0.6.RELEASE-with-dependencies.zip을
다운받아 압출 풀기 하는데...

파일 두개에 대해서 암호를 입력하라고 하더니만..
다시 압축 풀기 하니깐 암호 입력도 안나오네요..;;

이거 뭥미??

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WebSat Setting

(gwlee) — Sat, 18 Jul 2009 01:29:38 +0900

종오형님의 부탁으로 Websat 셋팅에 대해서 짧지만 긴 블로깅이 시작됩니다.

기본 디렉토리 구조
http://hostname/account/websat/ 로 접속 가능한 상태에서 설명 시작하겠습니다.
/home/account/public_html/websat -> HOME
/var/www/html/account (심볼릭 링크)

대부분 그냥 압축 파일 설정 풀면 다 되던데..;;
이녀석은 꽤나 까다롭습니다. 아직도 제대로 실행이 안되니깐요.

vi HOME/js/wesat.js
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text
-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"/websat/imagens/loading.gif\" /></div>";
>> var textoLoading = "<br/><br/><div class=\"labels\" style=\"text-align: center; font-weight: bold;\">Finding repeats... <br/><img src=\"imagens/loading.gif\" /></div>";
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/sat.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/sat.php", true);
....
xmlHttp.open("POST", "/cgi-local/websat/primer.php", true);
>> xmlHttp.open("POST", "cgi-local/primer.php", true);
....
window.open("/cgi-local/websat/export.php", "WEBSAT_EXPORT
_POPUP", "");
>> window.open("cgi-local/export.php", "WEBSAT_EXPORT_POPUP", "");
[END]

vi HOME/cgi-local/utils.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$DIRETORIO_CGI = "/DOC_ROOT/cgi-local/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/cgi-local/";
$DIRETORIO_BASE = "/DOC_ROOT/websat/";
>> $DIRETORIO_CGI = "HOME/";
$DIRETORIO_TROLL = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_TROLL = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_MOTIFS = "/TROLL_DIRECTORY/troll";
>> $DIRETORIO_MOTIFS = "/home/account/public_html/troll-0.2-linux-ia32/";
$DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "/DOC_ROOT/websat/tmp/";
>> $DIRETORIO_SEQ_UPLOAD = "HOME/tmp/";
....
[END]

vi HOME/cgi-local/sat.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
$motifFileName = "motifs" . $pMotifLen . ".dat";
>> $motifFileName = "motifs.dat";
....
[END]

vi HOME/cgi-local/export.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]

vi HOME/cgi-local/primer.php
#!/usr/local/bin/php >> 삭제
....
[END]

메일에 적은 것과 같이 추가적인 프로그램이 필요합니다요

troll과 primer3
구글님께 검색해보시면 나오고요..
troll의 경우 제 경우에는 lib Error가 나서
libstdc++-libc6.2-2.so.3 설치해 주었습니다.
primer3는 make 해주시고 실행 파일을 troll 폴더로
옮기시면 별도의 파일 수정 없어도 됩니다.

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