gwLee's study

DNA Club 사용법

(gwlee) — Mon, 17 Nov 2008 03:14:51 +0900

DNA club 실행 후 DNA (or Protein) 서열을 붙이 모습

일반적으로 서열 작업을 할 때 쓰는 기능 [Convert]

[Reverse] 버튼을 클릭하면 새로운 창에 원래 서열에 대해서 역순의 서열이 만들어 진다.

[Reverse+Complement] 버튼을 누르면 역순에 상보적인 서열이 새창에 만들어진다.

서열을 변환시키는 것을 숙지하였으면 다음에 Primer를 만드는 방법에 대해서 보자.
[PCRPrimers]라는 기능을 사용하여 제작할 수 있다.

[PCRPrimers]라는 기능 및에 Start Primer Selection 이라는 기능이 제공되고 있지만,
여기에서는 하나씩 만드는 방법을 다루도록 하겠다.

[PCRPrimer] 밑에 [Evaluate a Primer] 기능은 임의로 선택한 서열이
primer로 사용 가능한지 판단할 수 있는 몇몇 변수들을 보여준다.

18-21/24-27bp 정도를 선택하여 primer로 적합한지 확인 할것.
몇가지를 고려 해주어서 확인.
Dimer/Hairpin Formation 갯수는 적을수록
End Stability 는 High
GC content는 너무 눞지 않게
Tm값은 일정하게 (Forword가 55도이면 Reverse도 55도)
하는것이 좋다.

다음은 primer 제작에 고려되어야 할 사항들을 요약한 것이다.

PCR Primer 제작.hwp

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리눅스 설치 후 랜카드 문제

(gwlee) — Wed, 15 Oct 2008 09:26:58 +0900

text mode로 Fedora 9을 설치한 후
remote에서ssh로 접속하려는데 문제 발생

확인해보니 eth0이 UP되어 있지도 않고,
UP을 한 이후에도, 인터넷이 되지않는 문제를 겪은관계로
꼼수 부려서 해결.. >_<

/etc/rc.local 를 수정
ifconfig eth0 up #부팅시 eth0이 up안되는경우
/etc/rc.d/init.d/network restart

두줄을 추가해주면 문제없이 eth0가 액티브 되며, 인터넷을 사용
가능하게 됩니다. >_<

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리눅스에서 HDD 추가

(gwlee) — Wed, 15 Oct 2008 05:27:18 +0900

출처: 슈퍼유저

일단 물리적으로 하드를 리눅스 머신에 연결시켜줍니다.
부팅 후 /etc/fstab를 확인하여 현재 mount되어져 있는 장치를 확인합니다.

그후, /var/dmesg를 확인하여 새로 mount할 하드를 확인합니다.
E-IDE의 경우 hd*로 시작되며,
SATA의 경우 sd*로 시작됩니다.

dmesg로 확인한 하드를 fdisk로 파티션 생성을 하고 포맷합니다.

p 명령어는 파티션 현재 파티션 정보를 보는 명령어입니다.

n 명령어를 사용하여 파티션을 생성하고,
p(primary로) -> 1 -> 크기지정 default 1 입력(Full로 잡을시, 디폴트가 Full) -> 엔터
w로 마무리

파티션 생성후 파일 시스템을 만들어 줍니다.
ext3: mke2fs -j /dev/hdb

파일시스템 생성 후, 새로운 하드를 mount할 폴더 생성 및 mount를 해줍니다.
mkdir home2
mount -t ext3 /dev/sdb /home2

mount로 제대로 mount되었는지 확인.

마지막으로 부팅시 자동으로 마운트되게 /etc/fstab를 수정해준다.

마지막에 존재하는 두 숫자의 의미를 정확하게 모름
상당히 중요한 숫자로 보임 함부로 수정하지 말것.!!
예제에서 나온것과 같이 1 2혹은 0 2로 할 것.

만약 /etc/fstab을 수정하기 겁나는 경우 mount -t ext3 /dev/sdb /home2 명령어를
/etc/rc.local 에 추가하여 부팅할 때 mount되게끔 하는 방법이 존재한다. >_<

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For loop

(gwlee) — Sun, 12 Oct 2008 22:50:54 +0900

리눅스의 shell에서 for 문 돌리기

for (( i = 0 ; i <= 5; i++ ))
do
echo "Welcome $i times"
done

i를 0에서 5까지 출력.

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VNC 리눅스 설정

(gwlee) — Sat, 27 Sep 2008 22:29:47 +0900

VNC 설정에 대해서 너무나 잘 설명되어져 있는 블로그 글
리눅스에서 VNC 설정하다가 포기하려는 찰나.. ㅋ
혜성과 같이 구글에서 검색되는 센스.. ㅋㅋ

* root 권한의 X를 설정한다.

1. 일단 vncserver를 설치 한다.

# yum install vnc-server

2. 우리가 건드려야 할 파일은 다음과 같다.

/etc/sysconfig/vncservers
/root/.vnc/xstartup

먼저 첫번째 파일은 수정한다.
#vi /etc/sysconfig/vncservers

다음과 같은 화면을 볼 수 있다.

- 첫번째 VNCSERVERS="1:root" 란 Display 번호를 매기는 것이다.

- 두번째 VNCSERVERARGS[1]="-geometry 1280x800 -nolisten tcp -nohttpd"
설정을 통해 해상도와 연결방식에 대해 설정한다.

3.root 밑에 .vnc 디렉토리를 생성한다
# mkdir ~/.vnc

4. Password를 정한다.

# vncpasswd

5. X를 띄우자!

윈도우나 리눅스에서 vncserver 에 접속을 하게되면 회색 화면만 볼 수 있다.

이걸로 해서는 결국 ssh접속이나 다를바 없다.(사실 더 불편하다.)

# vi ~/.vnc/xstartup

다음과 같은 화면을 볼 수 있다.

5,6 번째 줄의 주석을 제거하여

unset SESSION_MANAGER

exec /etc/X11/xinit/xinitrc

가 작동하도록 하자.

6. 방화벽 설정
일반적으로 리눅스를 설치하면 방화벽이 설치되어 있다.
vncserver의 경우 5901 포트를 사용하기 때문에 이 포트만 열어 준다면
아무런 문제 없이 원격 접속이 가능하다.

시스템 -> 관리 -> 방화벽 을 실행 시키자.

위와 같은 화면을 볼 수 있다. 왼쪽 사이드 메뉴에서 두번째 그 외의 포트 를 선택, 오른쪽의 추가를 선택한다.

위와 같이 나오는데 사용자 정의 에 체크를 하면 직접 포트 번호를 입력 할 수 있게 된다.
5901 번 포트(vncserver는 기본적으로 5900번 대의 포트를 사용한다. 기본 포트 + 디스 플레이 번호를 포트 번호로 사용하므로 5901 번이 된다.)를 입력하고 확인을 누른 후 아래 그림과 같이 적용을 누르면 포트번호가 허용이 되도록 설정되어 진다.

7. vncserver를 띄운다.

띄우는 방법은 보통 2가지가 있다.

# vncserver :1

# service vncserver start

위에 방식은 1024x768 고정 사이즈로만 나온다.

아래 방식은 설정한 해상도로 나온다.

8. 다음과 같은 화면을 볼 수 있다.~!

vncviewer를 이용하여

IP주소:1 (1은 /etc/sysconfig/vncservers 에서 설정한 Display Number)

위의 화면은 모니터 + 노트북 으로 듀얼로 구성된 상태이다.

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MHC

(gwlee) — Tue, 16 Sep 2008 16:50:22 +0900

MHC관련 동영상

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Classical Pathway (in Complement System)

(gwlee) — Tue, 16 Sep 2008 15:35:31 +0900

Complement System 중 Classical Pathway

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Alternative Pathway (in Complement System)

(gwlee) — Tue, 16 Sep 2008 15:32:54 +0900

Complement System중 Alternative Pathway

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Cell Signaling 관련 정보

(gwlee) — Thu, 11 Sep 2008 15:04:28 +0900

출처: 신호전달과 신약개발

신호전달에 관련된 슬라이드와 그림 및 신호전달에 대한 정보를
연구자들에게 꽁짜로 보여준뎁니다.. ㅎㅎ

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SSH 포트 변경

(gwlee) — Sun, 31 Aug 2008 18:09:51 +0900

/etc/ssh/sshd_config

Port [숫자]
#AddressFamily any
#ListenAddress 0.0.0.0
#ListenAddress ::
앞의 #제거할 것!!

/etc/services
# 21 is registered to ftp, but also used by fsp
ftp 21/tcp
ftp 21/udp    fsp fspd
ssh [숫자]/tcp    # SSH Remote Login Protocol
ssh [숫자]/udp    # SSH Remote Login Protocol
telnet    23/tcp
telnet    23/udp

위의 작업을 마치면
/etc/rc.d/init.d/sshd restart

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